Eine weitere Attraktion ist das Wüstenhaus, das 2004 im 1904 erbauten Sonnenuhrhaus präsentiert wurde.
Das Gebäude wurde, ebenfalls im Auftrag von Kaiser Franz Joseph I. und nach Entwürfen von Alfons Custodis, errichtet, um die „Neuholländer-Sammlung“ unterzubringen, die neben den Pflanzen aus Australien, die der Sammlung den Namen gegeben hatten, inzwischen um Exemplare aus Südafrika sowie Süd- und Nordamerika angewachsen war. Auch wurde es als Überwinterungshaus genutzt.
Nach der Generalsanierung wurde 2004 in diesem Objekt das Wüstenhaus eröffnet, ein Gemeinschaftsprojekt von Bundesgärten und Tiergartenverwaltung, Gegenstück zum 2002 geschaffenen Regenwaldhaus des benachbarten Tiergartens: Neben den Sukkulenten werden Vögel, Reptilien und Kleintiere aus Wüstengebieten vorgestellt.
